元号が「平誠」に改まってから20年余を過ぎた21世紀初頭の日本。
鎖国は解かれたものの徳川幕府の治世が続き、慶康が第25代将軍の座に就いていた。
霊峰・富士山の麓に築かれた巨大教育機関・武應学園塾では、生徒会執行部が「豊臣狩り」と称して徳川家に対する反乱分子と認定した在校生への弾圧を強め、その横暴に対する不満は強まる一方であった。
父の失踪後、在校生ながら学園併設の柳生道場で師範代を務める柳生宗朗は執行部の豊臣狩りに疑問を抱き、距離を置いていたが突如として生徒会から道場の明け渡しを命じられる。
明け渡しの期日が間近に迫ったある日の晩、宗朗がいつものように道場で修練に励んでいると突然、空から天井に穴を空けて大小2振の刀を持った全裸の美少女が降って来た。
柳生十兵衛三厳を名乗るその少女は道場を強襲した風紀委員会の服部忍群を華麗な剣術で撃退するが、その後も宗朗の前には次々と歴史上の武人の名を受け継いだ美少女達が現れる。